Do wykonywania swoich zadań Rada może powołać stałe i doraźne komisje (zespoły problemowe). Do celów kontrolnych Rada powołuje Komisję Rewizyjną. W Radzie Dzielnicy XII Bieżanów – Prokocim działają następujące komisje:
Komisja Architektury i Urbanistyki
Komisja Bezpieczeństwa i Porządku Publicznego
Komisja Edukacji i Kultury
Komisja Informacji i Kontaktów z Mieszkańcami
Komisja Infrastruktury i Budownictwa
Komisja Ochrony Środowiska i Zagospodarowania Terenów Zielonych
Komisja Rewizyjna
Komisja Sportu, Rekreacji i Współpracy z organizacjami pozarządowymi
Komisja Zdrowia i Pomocy Społecznej
Dzielnicowy Zespól Koordynacyjny „Bezpieczny Kraków”
